Za uspešno doseganje ciljev NPVŠ je treba zagotoviti sprotno spremljanje uresničevanja in izvajanja sprejetih ukrepov glede na dogodke in kontekst v prihodnosti.

Zaradi nerazdružljive povezanosti visokošolskega in raziskovalno-razvojnega prostora bo zagotovljeno skupno spremljanje obeh programskih dokumentov s področja visokega šolstva ter raziskovalne in inovativne dejavnosti. Neodvisna skupina ekspertov bo skupaj spremljala doseganje postavljenih ciljev in učinkov ter izvajanje ukrepov. Letno bo podajala poročilo pristojnim svetovalnim telesom Vlade RS za področja visokega šolstva, znanosti in tehnologije. Po skupni obravnavi bodo telesa poročala Vladi RS o izvajanju programov in podala predloge dopolnitev oziroma prilagoditev ukrepov za učinkovitejšo izvedbo obeh dokumentov. Vlada RS bo poročilo poslala v obravnavo Državnemu zboru vsako drugo leto skupaj s predlogi za ukrepanje. V letu 2015 bo izvedena temeljita ocena NPVŠ 2011–2020, ki bo vključevala vrednotenje ukrepov in doseganje ciljnih vrednosti ter bo podlaga za posodobljen NPVŠ za obdobje 2015–2020, če bo ta potreben.